1998 年马英九与陈水扁的巅峰对决
1998年12月5日，在进行了四个多月的选举动员和庞大的宣传后，国民党的马英九击败了民进党的陈水扁成为台北市市长；民进党的谢长廷则击败了国民党的吴敦义成为高雄市市长。此外，国民党则在“立法委员”选举方面大获全胜。
这一年政坛上的首要大事，无疑是台北市市长的竞逐，市民预期多年的陈水扁与马英九的对决终于上演。作为台湾新生代民选政治人物，双方的实力可以说是不分轩轾。究竟鹿死谁手？人们拭目以待。1994年底，陈水扁接任台北市市长以来，掌握了庞大的行政资源，很快地成为民进党内的超级巨星。1997年底，陈水扁以“宝岛希望助选团”的个人名义，在县市长选举中为民进党候选人助选，其助选能量甚至超过“民进党中央”。选举结果，民进党获得空前的胜利，陈水扁的政治实力也达到巅峰，不仅迫使许信良在庞大压力下宣布不再连任民进党党主席，也震慑到国民党高层。此时，坊间已盛传陈水扁才是李登辉属意的接班人。
因此，陈水扁参选台北市市长连任不仅他本人充满了自信，外界也普遍看好；反观国民党则呈现阵脚不一、人心涣散的乱局。根据民调，国民党内只有宋楚瑜和马英九有条件与陈水扁一搏，然而这两人与李登辉关系却渐行渐远。宋楚瑜无志于台北市市长，马英九则于1997年因白晓燕案辞去“政务委员”一职后，即表明对政治环境失望。在李登辉未明示支持的情况下，他拒绝参选。因此1998年中，国民党即陷入找不到人选的极端困窘，虽然“秘书长”章孝严、“外交部部长”胡志强等均曾被点名，流言不断，却似乎象征了国民党必败的命运。
虽然如此，在最后一刻，马英九接受征召，而且民调显示他的支持率领先陈水扁。这使得国民党士气大振，凝聚力增强。于是台北市市长选举就形成民进党陈水扁、国民党马英九和新党王建宣三强鼎立的局面，其中因马英九与陈水扁的支持率十分接近，所以王建宣得票率便极具关键性。此外，由于陈水扁受到强大的挑战，必须坚守台北的阵地，无暇到全台为民进党“立委”候选人造势，无形中降低了民进党整体的战斗力，选战呈现一种微妙的状况。尽管在民调中，大多数人均认为陈水扁将获胜，陈水扁所到之处确也人山人海，尤其是年轻支持者的反应更是异常激烈，但在实际的支持率上，陈水扁却始终落后于马英九三至五个百分点。还有，马英九为外省籍，陈水扁为本省籍，省籍因素虽未全面爆发，但仍刺痛着选战的神经。陈水扁在选战初期，引用民进党“立委”叶菊兰之语，批评马英九是“新卖台集团的棋子”，由于“卖台集团”是过去民进党攻击外省官僚集团的特定用语，因此陈水扁的发言立刻激起外省族群的强烈反弹。尽管陈随后就此保持缄默，但其幕僚人员仍持续发表诸如“台湾人对抗中国人”的观点以号召群众，竞选基调不复四年前的“快乐、希望”，而是回到民进党往昔的台湾人悲情的诉求。
选战最后一天，陈水扁在市政广场前举行“大家拼就赢——为台北点灯晚会”，数万群众参与，摇旗呐喊将气氛推到最高点。至于马英九则在中正纪念堂广场举行“万马狂奔之夜”，数万群众与会，不仅挥舞国民党旗，也有不少挥舞新党党旗者，李登辉亦到场助阵。稍晚，李登辉以“新台湾人”为马英九的外省背景转圜，减轻了马英九在省籍问题上的压力。
至于高雄市市长选举方面，国民党的吴敦义上届曾以十万余票击败民进党的张俊雄，在高雄市政绩亦获肯定。反之，民进党的谢长廷近年的政治之路并不顺遂。谢长廷于1996年为民进党“副总统”候选人，与彭明敏创下民进党罕见的低得票率，隔年又扯上“宋七力事件”，信誉受挫。随后，在白晓燕案中谢长廷奋勇与歹徒陈进兴协调，为事件和平落幕作出了贡献。不过，他为陈进兴的涉嫌家属辩护，亦遭到部分人士的反感。
尽管吴敦义被认为可以轻易击败谢长廷，而且民调确实也显示吴的支持率大幅领先谢，不过吴阵营过于笃定的姿态，使得支持者懈于攻防。选战期间，吴敦义在“宋七力事件”上强烈抨击谢长廷，其负面选举方式导致了反效果。最后阶段中，白晓燕案的苦主白冰冰自制录像带，现身说法指出：“谢长廷出面为陈进兴辩护，谢长廷以为这样就可以出名，参选高雄市市长，他真的错了，其实他在帮助犯罪，成为魔鬼的代言人。”白冰冰用独具感染力的口吻说：“谢长廷不是一个好人，也不是一个坏人，实际上他不是人。”录像带的重要片段在电视上以新闻的方式播出后，造成社会强烈的震撼。谢长廷随即表示，白冰冰是被害人家属，他能理解白冰冰心中的悲痛，但吴敦义不该利用仇恨为工具。在吴敦义和谢长廷激烈的宣传战后，双方在民调中的支持率已十分接近，吴敦义自称“已经可以感觉到对手的呼吸声”。
投票结果，台北市方面，马英九获七十六万六千余票，得票率百分之五十一，陈水扁获六十八万八千余票，得票率不到百分之四十六，王建宣则获四万四千余票，得票率不过百分之三。高雄市方面，谢长廷获三十八万七千余票，得票率接近百分之四十九，吴敦义获三十八万三千票，得票率略低于谢长廷，其余的三万余票由无党籍的郑德耀与新党的吴建国获得。台北和高雄双双易帜，吴敦义意外落败，陈水扁更遭致了从政十七年来最大的挫败。他的支持群众普遍出现愤愤不平的情绪，许多人指责新党的支持者大量流向马英九，是陈水扁失利的最大原因。
最后在“立委”选情方面，国民党得票率为百分之四十六多，全部席次一百二十三席，席次率为百分之五十四多，民进党得票率不到百分之三十，全部席次七十，席次率不到百分之三十二，新党得票率百分之七，全部席次十一，席次率不到百分之五。总的来说，国民党大获全胜，新党则大幅萎缩，新党的票源大量流回国民党。马英九的参选对于这一局面的形成，可说是起到了关键的作用。
