光绪二十一年(公元1895年)八月十四日,东陵守护大臣溥龄、麟嘉和马兰镇总兵文瑞等人上奏:菩陀峪万年吉地宝顶、宝城、琉璃花门、大殿、配殿、宫门、朝房、碑亭、神厨库等各建筑均有渗漏、糟朽、爆裂、酥碱等情形,要求朝廷派人查勘,迅速修理。于是,光绪帝派大臣前往查勘。光绪帝在谕旨中特别强调:“宝山寿藏规制崇隆,殿宇城垣观瞻所系,理宜随时修整,以为万年巩固之基。……应如何墁筑地面,挑换木石,绘图贴说,详细具奏。其各敬谨从事,不准稍有迁就”。这道谕旨为重修工程的进一步扩大和升级提供了合法的借口。其实光绪帝是在看着慈禧的脸色行事的。所派的勘估大臣都是慈禧的心腹,他们早已摸透了慈禧的心理和脾气:只要自己遂心合适,从来都是肯花钱的。
经过几次勘估,最后决定将慈禧陵的方城、明楼、宝城、大殿等一律拆除重建,其他建筑揭瓦大修。并在东砂山外面增建两座值班房,拆建三座值班房,揭瓦一座值班房,添建豆渣石护脚泊岸一道。在任命承修大臣一事上,慈禧亲自决定派庆亲王奕劻和兵部尚书荣禄荣任此职。这两个人都是慈禧的心腹和死党。任命他们俩重修陵寝,慈禧自然放心满意。
光绪二十二年(公元1896年)二月二十五日动工,九月下旬,大殿拆卸完毕。发现部分大木构件有糟朽、裂缝现象,这是原估时未料到的。经过现场勘视,决定将235件大木件中的208件更换为新木件,仅留用27件,更换了88%。按原估做法,三殿更换的新木件均用 楠木,更换的石料用艾叶青。维修大臣奕劻、荣禄为讨好慈禧,决定三殿所有大木构件全部改用珍贵的黄花梨木;宝城、方城的压面石、荷叶沟以及大殿周围的石栏杆一律改用艾叶青石料。
这次重修慈禧陵,不仅地面建筑无一漏掉,而且地宫内的金券、门洞券、石门、闪当券、隧道券、罩门券、宝床等也进行了维修,重修工程曾因八国联军的入侵北京,慈禧及光绪帝西逃到西安而中断了一年。
翌年回京后,于光绪二十八年(公元1902年)三月,慈禧借谒陵之便,亲自到菩陀峪工地阅视了重修工程。光绪三十四年(公元1908年)十月全工告竣。重病中的慈禧听说自己的陵寝已经建完,于十月十四日派奕劻去验收工程。十八日验收毕,将重修一新的慈禧陵移交给东陵守护大臣和马兰镇总兵官看管。四天后,即光绪三十四年十月二十二日慈禧一命归天。慈禧陵重修工程历时13年之久,是初建时用时的二倍。