1998年,万县区更名为万州区;万县移民开发区更名为万州移民开发区。
2000年,撤销万州移民开发区,原万州移民开发区代管的忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县和巫溪县由重庆市直辖;撤销重庆市黔江开发区,设立重庆市黔江区。
2001年,撤销长寿县,设立长寿区。
2006年,撤销永川市、江津市、合川市、南川市,设立永川区、江津区、合川区、南川区。
2011年10月,撤销綦江县、万盛区,合并设立綦江区;撤销大足县、双桥区,合并设立大足区。
2014年,撤销铜梁县、璧山县,设立铜梁区、璧山区。
2015年,撤销潼南县、荣昌县,设立潼南区、荣昌区。
2016年,撤销开县、梁平县、武隆县,设立开州区、梁平区、武隆区。
2017年,重庆市辖万州区、黔江区、涪陵区、渝中区、大渡口区、江北区、沙坪坝区、九龙坡区、南岸区、北碚区、渝北区、巴南区、长寿区、江津区、合川区、永川区、南川区、綦江区、大足区、璧山区、铜梁区、潼南区、荣昌区、开州区、梁平区、武隆区26区,城口县、丰都县、垫江县、忠县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县、酉阳土家族苗族自治县、彭水苗族土家族自治县12个县(自治县)。