1.长江水利委员会(副部级)
规划设计局(副厅级)
政策法规局(副厅级)
财务局(副厅级)
人事局(副厅级)
水资源管理局(副厅级)
水资源节约与保护局(副厅级)
建设与运行管理局(副厅级)
河湖管理局(副厅级)
河道采砂管理局(副厅级)
水土保持局(副厅级)
监督局(副厅级)
水旱灾害防御局(副厅级)
审计局(副厅级)
水文局(正厅级)
长江工程建设局(副厅级)
长江科学院(正厅级)
2.黄河水利委员会(副部级)
规划设计局
水政局(水政监察总队)
水资源管理与调度局
安全监察局
山东黄河河务局(正厅级)
河南黄河河务局(正厅级)
山西黄河河务局(正厅级)
陕西黄河河务局(正厅级)
黄河上中游管理局(正厅级)
黑哥流域管理局(正厅级)
水文局(正厅级)
经济发展管理局(正厅级)
3.珠江水利委员会(正局级)
4.淮河水利委员会(正局级)
5.海河水利委员会(正局级)
6.松辽水利委员会(正局级)
7.太湖流域管理局(正局级)
8.综合事业局(正局级)
9.信息中心(正局级)
10.南水北调规划设计管理局(正局级)
11.机关服务局(正局级)
12.水利水电规划设计总院(正局级)
13.中国水利水电科学研究院(正局级)
14.宣传教育中心(正局级)
15.建设管理与质量安全中心(正局级)
16.小浪底水利枢纽管理中心(正局级)